Una de las alternativas es ir al menú: Capas> Acoplar imagen. En este caso simplemente dejamos una sola capa a la que podemos guardar en cualquier formato, incluso en jpg.
Otra alternativa es menú: Capas> Acoplar visibles, en esta opción, como su nombre lo indica, se combinan todas las capas que estén visibles (que tengan el ojito activado en la paleta de capas).
si tenemos la capa de fondo bloqueada, (con el candado) y no tenemos capas ocultas (sin el ojito), el documento nos quedará igual que si hubiéramos acoplado la imagen. Si por el contrario, no tenemos la capa de fondo bloqueada, y tenemos capas ocultas, al acoplar las capas visibles, todavía tendremos un documento con capas y por lo tanto si queremos conservarlo como tal, debemos guardarlo en un formato con el que podamos conservar las capas, como psd, o tiff, entre otros.
Otra forma de combinar las capas es menú: Capas> Acoplar hacia abajo, en el que todas las capas desde la que tenemos activa, hacia abajo en la paleta de capas quedarán en una sola capa.
Otra forma de combinar las capas es menú: Capas> Acoplar hacia abajo, en el que todas las capas desde la que tenemos activa, hacia abajo en la paleta de capas quedarán en una sola capa.